نزدیک شدن به سران فتنه و بدنه جنبش سبز و دامن زدن به اختلافات قوای سه گانه از مهمترین تصمیمات مجمع به اصطلاح محققین و مدرسین قم می‌باشد.در حالی که محور اصلی فعالیت نهادهای روحانی و حوزوی باید برای توسعه فعالیت‌های دینی باشد اما مجمع محققین و مدرسین به محفلی برای فعالیت‌های سیاسی و ایجاد تنش در ارکان حکومت و نظام تبدیل شده است. شنیده‌های موثق رسالت از محافل نزدیک به مجمع به اصطلاح محققین حاکی است در جلسه‌ای که در ماه رمضان اعضای این مجمع داشتند مباحثی درباره فعالیت‌های این مجمع صورت گرفته است. در این جلسه مقرر شد اعضای مجمع خود را به موسوی و کروبی نزدیک کنند تا بتوانند بر روی مواضع این دو عنصر فتنه تاثیرگذاری بیشتری داشته باشند.همچنین مقرر شده اعضای مجمع با بدنه جنبش سبز ارتباط برقرار کرده تا بتوانند در این وانفسای غربت و مهجوریت جنبش سبز نقش‌ اتاق فکر را برای این جنبش سرخورده برعهده بگیرند.تشدید اختلافات میان قوای سه گانه و بزرگ‌نمایی اختلاف نظرهای طبیعی میان دولت و مجلس و قوه قضائیه از دیگر توافقات اعضای این حزب سیاسی است که در پوشش فعالیت‌های حوزوی در قم مستقر می‌باشند. اخبار رسیده از جلسات این مجمع حاکی است که در جلسه اخیر این مجمع از مواضع خاتمی در عدم حمایت از جنبش سبز و عدم همراهی خاتمی با موسوی و کروبی و نداشتن مواضع انتقادی خاتمی در قبال تعطیل دفتر مرحوم آقای منتظری انتقاد شده است.